한국교회의 고질적인 병폐는 진보와 보수 신앙의 대결구도이다. 민족 복음화를 위해 상호 협력관계보다 대립을 해오는데 열을 올렸다. 과거 진보교회 연합기관이 한국기독교교회협의회는 1988부터 남북평화통일을 위한 한국교회 선언을 발표함으로써 진보정권의 대북정책과 남북평화 정책에 핵심역할을 해왔다. 이 결과 남북은 상호 협력관계를 구축하고 긴밀한 교류를 통해 한반도의 군사긴장을 해소하여 항구적인 평화정착을 추진했다. 그러나 보수정권이 들어서자 보수 교회 연합체인 한국기독교총연합회는 중심으로 한국보수교회들은 북한을 악마화 하여 적대감정을 부추기고 일방적인 친미감정을 호소하며 보수정권을 지지했다.
이로 인하여 한국교회의 위상은 현저히 떨어졌을 뿐 아니라 대통령을 비롯하여 보수정권의 주요 인사들이 부정과 부패 그리고 불법행위를 일삼아 국민들의 공분을 일으킴으로써 교회에 대한 불신은 갈수록 커졌다. 한국교회의 위기는 이렇게 보수교회의 무분별한 정치적 행위, 평화와 화해보다 적대시하고 단죄하는 일에 더 열중했던 모습을 본 국민들은 더 이상 교회에 우호적이지 않게 되었다.
한국교회의 이러한 이중적 모습을 본 국민들은 기독교를 더 이상 민족의 희망으로 여기지 않게 했다. 오히려 우리나라가 당면한 현실적 문제를 해결하고자 기도하고 협력해 준 가톨릭교회에 대한 믿음이 국민들 사이에 더 커졌다. 한국교회의 기독교 신자들이 개신교에서 가톨릭으로 옮겨간 현상이 벌어진 것이다. 이처럼 한국교회는 진보와 보수로 분리되어 대립관계를 이루고 있는 또 한편으로 정통과 이단으로 나뉘어져 있다. 정통과 이단은 한국교회의 내적 대결상태를 나타낸다. 성장과 부흥을 위한 목회에 집중하다보니 자연스럽게 교회들 사이의 경쟁구도가 생겨났다. 이로 인하여 교회들이 서로 견제하다보니 목회능력보다 교권에 의지하여 상대교회를 망가뜨리려는 행위가 벌어지기 시작했다.
한국교회 내적 분열과 대립상태는 급기야 교회간의 협력보다 감시를 강화하다보니 다양한 목회방식보다 획일적인 목회방식을 일반화시켜 교회의 특징이 사라지게 되었다. 이로 인하여 기독교인들이 새로운 교회를 찾아가기보다 기존의 대형교회로 몰리는 현상을 보임으로써 개척교회는 설자리가 없어지고 말았다. 한국교회의 이러한 외적 그리고 내적 분열과 대결은 스스로 몰락의 길을 촉진시키는 꼴이 되고 몰았다. 그럼에도 불구하고 한국 보수교회는 쇄신보다 과거에 집착하며 안일한 자세를 고수하고 있다. 이대로 가면 살아남을 한국교회는 얼마나 될 것인지, 목회자와 1천만 성도들 모두 심사숙고할 때이다.
